2017年《上海高校课程思政教育教学体系建设专项计划》的出台，推动了上海高校课程思政的全面推广建设，上海中医药大学作为其中的典型代表，也是最早开展课程思政的高等医学院校之一。上海中医药大学成立了课程思政教学改革领导小组，先后制定了《上海中医药大学课程思政教学改革试点方案》和《课程思政教学改革教师培训工作实施方案》，明确提出将思政育人元素融入所有课程教学中，对所有授课老师进行课程思政的意识、教学方法与策略、思政研究能力等进行培训，同时对教学大纲进行重新修订，增设课程思政目标，设立院校两级课程思政建设研究专项，制定了课程思政的评价标准体系，并修订了人事制度，将教师的师德与课程思政成果纳入聘用考核体系。近两年，不少高等医学院校也进行了课程思政教学改革的有益探索，并取得了一定的成效，但从全国来看，像上海中医药大学这样进行系统设计、有力组织保障、分层推进课程思政的仍属少数。目前，高等医学院校还不同程度地存在专业教育与思想政治教育“两张皮”现象，未能形成良好的育人合力，发挥课程育人的功能，而造成这种现象的原因主要与以下几个方面有关。
在一流大学和一流学科建设的大背景下，部分高等医学院校的领导层把更多的精力放到了衡量办学水平的指标提升上，课程思政建设不可避免地被弱化，改革工作推进迟缓，这表明，高校领导层对课程思政的认知不足，落实立德树人的根本任务任重道远。另外，课程思政教学改革的推进离不开科学的顶层设计和有力地组织保障，然而，目前从许多高等医学院校课程思政教学改革相关文件中，我们很难见到诸如工作方案制订、责任落实、督查检查、师资培养、财力保障等顶层设计。在组织协调方面，高等医学院校对课程思政建设缺乏整体性规划和系统性协调引导，更多的是安排学校的马克思主义学院、学工处、宣传处、教务处等少数几个部门承担，并且各部门在一定程度上还停留在各自为政、单打独斗的阶段，政策导向的缺失，整体协同性不够，课程思政建设效果必定会大打折扣。
高校教师承载着传播知识、传播思想、传播真理，塑造灵魂、塑造生命、塑造新人的时代重任，在贯彻党的教育方针、落实立德树人根本任务、推进“三全”育人的过程中，发挥着不可替代的作用。但在实际课堂教学中，高等医学院校的教师对课程思政的内涵认识不足，认为课程思政教育与专业课的关联度较低，很难在课程中去推行，重视专业技能，忽视职业精神，“只教书，不育人”的现象普遍存在，甚至部分教师错误地认为，思政教育工作是高校思政课程以及辅导员的任务，不是专业课程的任务，这导致课堂教学的价值引导与知识传授呈相互割裂的状态，与“把思想政治工作贯穿教育教学全过程”的高等教育人才培养要求相距甚远。此外，调查显示，专业课教师人文知识储备欠缺，对思政理论的理解和掌握不足的现象普遍存在，绝大多数教师在课堂教学中做不到有效地将思政理论糅合到专业知识教学中，提示高校教师课程思政育人能力欠缺。